L’Institut Supérieur de Théologie est devenu, après la promulgation du Décret du 8 Mai 1996, et à partir de l’année universitaire 1995-1996, chargé de la formation des étudiants du 3ème cycle dans toutes les spécialités relevant de l’université Ez-Zitouna (théologie, civilisation, Chari’a), après le transfert, à cet établissement, des étudiants tunisiens et étrangers inscrits au 3ème cycles des deux instituts de la civilisation islamique et de la Chari’a.
C’est ainsi que le nombre d’étudiants inscrits aux études supérieures, qu’ils soient Tunisiens ou étrangers venant de 30 pays frères et amis, a augmenté. Le nombre d’étudiants ayant obtenu des diplômes d’études supérieures, durant la période allant de 1996 à fin Décembre 2004, a atteint 358 diplômés répartis selon les diplômes, comme suit : 196 en DEA, 22 en Mastère, 31 en Doctorat de 3ème cycle, 44 en Doctorat d’Etat et 65 en Doctorat unifié.
Ces études supérieures ont connu une évolution qualitative remarquable qui s’est concrétisée dans la multiplication des domaines de recherche ainsi que dans la diversification et le développement des méthodologies de la recherche scientifique, ce qui a permis de réaliser plusieurs recherches et thèses aussi originales qu’objectives donnant lieu à un plus scientifique.